Omröstningen, som avgjordes med 52 för och 48 emot, följde i princip partilinjen. Bara en republikan, senator Mitch McConnell, valde att rösta emot president Trumps kandidat.
Posten som hälsominister ger Kennedy ansvar för en budget på 1 700 miljarder dollar och 80 000 anställda.
– I 20 år har jag gått upp varje morgon på knä och bett att gud skulle sätta mig i en position där jag kunde få slut på epidemin av kroniska barnsjukdomar i det här landet. Den 23 augusti förra året sände gud mig president Trump, sa Robert F Kennedy Jr. efter omröstningen, enligt Reuters.