2009 tilldelades de forskare som tagit fram röntgenstrukturen för den bakteriella ribosomen. I strukturen ser man att det förekommer vattenmolekyler i ribosomen, men vad de gör där har inte varit helt klart. Johan Åqvist och Göran Wallin har kartlagt vattenmolekylernas roll i ribosomens reaktionscenter. Den aktiva delen av ribosomen, där vattenmolekylerna sitter, är svår att undersöka experimentellt. Med hjälp av datasimulering har forskarna dock fått fram resultat som visar vad vattnets roll är.
- Vi har kommit fram till
att den ena av vattenmolekylerna faktiskt deltar i reaktionen och den andra snabbar på förloppet. Det vi har gjort är att utföra omfattande kvantmekaniska beräkningar på ribosomens reaktionscentra, säger Johan Åqvist, professor i strukturbiologi och teoretisk kemi vid Uppsala Universitet.
Ribosomen är cellens
proteinfabrik som översätter den genetiska informationen till protein. Många antibiotika angriper ribosomen, vilket slår ut bakterien, eftersom en fungerande ribosom är livsnödvändig.
- Våra resultat är till hjälp vid design av nya antibiotika. Vi tittar just nu på om det finns något antibiotika som binder in där vattenmolekylerna sitter, säger Johan Åqvist.
BREAKING