Den slutliga processen att isolera fram det DNA som har fångats med hjälp av antikropparna är känslig. För att slippa ointressanta DNA-fragment som försvårar nedströms analys krävs bra reningsmetoder.

Chip kit innehåller en ny typ av spinnkolonn speciellt utvecklad för kromatinimmunoprecipitering (ChIP). Kolonnerna är baserade på en ny teknologi från Porvair sciences kallad Chromatrap Pro-A chromatin immunoprecipitation technology. Varje kit innehåller tillräckligt med reagens för 24 experiment. I varje kolonn finns en disk innehållande en porös polymer till vilken protein A har immobiliserats. Vid användning av kitet uppehålls kromatin-antikroppskomplexet inuti disken. Med tre tvättsteg och ett elueringssteg kan man sedan isolera de DNA-fragment man är intresserad av. Chromatrap ska ha en förmåga att isolera upp till 25 gånger mer DNA är vad motsvarande kulbaserade teknologier klarar av. Ner till 15 000 celler per experiment kan användas vid immunoprecipiteringen.