Scilifelab hjälper vården med coronaprover – Beställde två SAS-plan med materiel
På CTMR-labbet (Centrum för translationell mikrobiomforskning) vid Scilifelab har mycket förändrats under våren. Från början låg fokus där på forskning kring normalflorans genetik men nu har all sådan aktivitet lagts på is för att istället fokusera på att utöka sjukvårdens kapacitet gällande diagnostik av det nya coronaviruset som orsakar sjukdomen covid-19. Gruppens ledare är Lars Engstrand från Karolinska Institutet och Per Sikora från Genomic Medicine Sweden, GMS. Båda är kopplade till Scilifelab och de har arbetat ihop sedan tidigare med mikrobiologi och smittspårning inom det nationella samarbetet GMS.
Lars Engstrand berättar att de började förbereda CTMR-labbet för covid-19-testning i början av mars, efter att Karolinska universitetssjukhuset bett dem om assistans med diagnosticeringen. Ungefär 1 ½ vecka senare fick de ett bidrag från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, KAW.
– Vi hade redan haft möten med mikrobiologilabben inom GMS samt med Folkhälsomyndigheten, vi hade börjat sätta upp labbet och jobbade för att skala upp kapaciteten. Innan pengarna från KAW kom in låg vi ute med 25 miljoner kronor, så deras bidrag var välkommet, berättar Lars Engstrand.
De flesta instrument som används på labbet har funnits på plats sedan tidigare, så arbetet kom snabbt igång. För att utöka kapaciteten beställde forskarna två SAS-plan lastade med fem nya laboratorierobotar, testmateriel och reagenser för analyserna från samarbetspartnern BGI i Kina. Leveransen kom den 1 april och efter en validering av testmetoderna har labbet nu kapacitet att genomföra 5 000 prover per dag.
– De skickade också med en grupp ingenjörer som kom hit för att hjälpa oss att sätta upp labbet, berättar Lars Engstrand.
Labbet sträcker sig över 500 kvadratmeter. Där jobbar 35 personer som alla har anmält sig som frivilliga från olika forskargrupper. Prover från näsa och svalg samt saliv skickas in från sjukvården från hela landet. De levereras till ett mottagningslabb där personalen bär skyddsutrustning bestående av visir, förkläde, skyddshandskar och munskydd. Där inaktiveras eventuella virus, enligt ett protokoll som verifierats av världshälsoorganisationen WHO och Folkhälsomyndigheten. När inaktiveringen är klar tas proverna in till den andra delen av labbet, där de analyseras med tekniken PCR, för att påvisa om de innehåller coronaviruset Sars-Cov-2 eller inte. Det finns också en möjlighet till kvantifiering, alltså att se hur hög koncentrationen av viruspartiklar är i respektive prov.
– Analysen görs på samma sätt som på sjukhusens egna labb. Vår verksamhet är inte tänkt att konkurrera med sjukhuslabben, den ska bara komplettera den, berättar Per Sikora.
– Sjukhusen skickar analyser till oss till ett självkostnadspris. Vi gör ingen vinst på den här verksamheten, tillägger Lars Engstrand.
Vid sidan om provtagningen genomför labbet dessutom sekvensering av coronavirusets arvsmassa för att se i vilken takt det muterar.
Verksamheten är endast avsedd för avlastning av sjukvården. Privatpersoner kan alltså inte skicka in prover dit på eget bevåg.
– Vi följer Folkhälsomyndighetens prioriteringslista över vem som ska testas, och vi har hela tiden en pågående dialog med dem. Det är regionerna som i slutänden bestämmer vilka prover som ska skickas in till oss, berättar Lars Engstrand.
I dagsläget har labbet en kapacitet på 5000 prover per dag.
– Det är en utmaning att få tag i reagenser och annat förbrukningsmateriel som pipettspetsar, för alla länder vill ha samma saker just nu. Vi utnyttjar våra kontakter och beställer hela tiden mer materiel för att klara av att upprätthålla kapaciteten. I dagsläget klarar vi att analysera 5 000 prover om dagen i några veckor framåt men om vi ska skala upp måste ett beslut fattas snart, säger Lars Engstrand.
– Från och med nästa vecka vill Västra Götalandsregionen också börja skicka prover till oss. Det kommer inte vara svårt att fylla kapaciteten på labbet, säger Per Sikora.
Både Lars Engstrand och Per Sikora tror att en uppskalning av verksamheten är att vänta.
– I Sydkorea har de varit mer aggressiva än Sverige. Där har de testat alla misstänkta fall. I Finland har de haft samma tillvägagångssätt och jag tror att det kommer gå åt samma håll här, säger Lars Engstrand. Bland annat tror jag att kommunerna kommer att öka sina beställningar, framförallt för att testa de som jobbar inom hemtjänsten och ta bort potentiella smittbärare där.
– Även på sjukhuslabben skalar man upp, tillägger Per Sikora.
Scilifelab har även ett pågående arbete med antikroppstester, som kan användas för att se om en person har haft en covid-19-infektion eller inte.
