De tre döda var kryssningspassagerare, enligt rederiet som driver det drabbade fartyget MV Hondius.
Den första som avled var en 70‑årig man. Han dog ombord på fartyget, och hans kropp fördes till Sankta Helena, uppger Sydafrikas hälsodepartement i ett uttalande som refererats av nyhetsbyrån AP.
Mannens hustru kollapsade på en flygplats i Sydafrika när hon försökte flyga hem till Nederländerna, där paret bor, och hon avled senare på sjukhus.