It-verktyg som lättar upp strukturer
Att ta till sig data om hur olika proteiner är uppbyggda är komplicerat. Men med hjälp av ett gratis it-verktyg som visualiserar molekylerna kan fler använda sig av informationen.
– I det här verktyget kan du se proteinmolekylen i vilken pose du vill. Och i texten bredvid finns det länkar som du kan klicka på för att exempelvis zooma in på någon speciellt intressant del av proteinet i visualiseringen, säger han.
Johan Weigelt är forskningschef på Structural Genomics Consortium, SGC, som arbetar med att bestämma strukturer på medicinskt intressanta proteiner. De data som tas fram deponeras i den öppna databasen Protein Data Bank, PDB, och publiceras även på nätet. SGC vill skapa bättre förutsättningar för medicinsk grundforskning och läkemedelsutveckling genom att göra informationen om proteinstrukturerna fritt tillgänglig.
Utan it-verktyg som det Johan Weigelt nu har framför sig skulle informationen mest bestå av till synes ändlösa dokument med siffror och bokstäver. Inte helt lätt att ta till sig, med andra ord.
Tidigare var den som ville använda sig av informationen tvungen att ta hjälp av teknisk expertis i form av en strukturbiolog, eller själv spendera många timmar på att lära sig hantera ett lämpligt visualiseringsverktyg.
Nu kan även exempelvis kemister, cellbiologer och biokemister själva få ut den information de är ute efter utan experthjälp, enligt Johan Weigelt.
Det behövs fortfarande en strukturbiolog som gör analysen, men när den väl är gjord så kan den sparas i ett datapack som kan användas av alla. Ett datapack är en fil som innehåller instruktioner till programvaran om olika sparade visualiseringar samt hyperlänkad text och annan information som hör till strukturen.
Mjukvaran läser sedan in datapacket för det aktuella proteinet och presenterar informationen
i form av en beskrivande text, länkad till visualiseringar av strukturen.
– Det är enkelt att vrida och vända på visualiseringen eller att snabbt låta programmet skifta mellan två olika representationer av strukturen, säger Johan Weigelt.
Hur lång tid tar det att göra ett datapack för ett protein?
– Är du väl insatt så tar det en dag eller två. När vi har gjort vetenskapliga publikationer så har vi kanske lagt en vecka på att skapa datapacket.
Isee är gratis och finns i två olika former. Dels som en del av gratisverktyget ICM-Browser och dels som tilläggsprogram för vanliga webbläsare och Microsoft Powerpoint. Den senare formen kallas Active ICM.
Johan Weigelt tror att vi kommer att få se fler liknande verktyg framöver.
– Det behövs för att underlätta användandet av olika typer av information för forskare vid både universitet och industri, säger han.
