DNA-analyser för alla
Svenske Andreas Sundquist leder ett amerikanskt uppstickarföretag som vill demokratisera analysen av DNA-sekvenser. Genom att allt sker i datamolnet kan vem som helst utföra analyser för en spottstyver.
De här problemen upplevde Andreas Sundquist och två kolleger när de forskade vid det amerikanska universitetet Stanford, och de beslöt sig för att göra något åt saken. År 2009 startade de företaget Dnanexus, och i april år 2010 lanserades tjänsten med samma namn.
– Det vi såg var att det fanns ny teknik – molntekniken – men att inga företag inom systembiologi använde den, säger Andreas Sundquist, vd för Dnanexus.
Genom att använda sig av molnet, det vill säga skalbara it-resurser som tjänst via internet, har Dnanexus skapat en tjänst vars funktionssätt Andreas Sundquist liknar vid Googles Gmail.
– När du ska använda Gmail surfar du bara dit och loggar in, och så finns alla dina mejl där. Du behöver inte tänka på var mejlen lagras eller var servrarna står, och idén bakom Dnanexus är likadan. Du lägger in alla DNA-data, och sedan utför du analyser och visualiseringar direkt i webbläsaren, säger han.
Kostnaden för att lagra och analysera en miljard baspar DNA under två års tid är 20 dollar för akademiska användare i USA och 20 euro för akademiska användare i Europa.
Andreas Sundquist
– Jämfört med andra metoder är det extremt kostnadseffektivt. Vi vill demokratisera analysen av DNA-sekvenser genom att göra det tillgängligt för fler. Du ska inte behöva tänka på vad det kostar att anlita en partner eller att bygga upp en egen infrastruktur – du behöver bara betala 20 dollar, sedan är du igång.
Orsaken till att tjänsten kan vara så billig är framför allt att inte heller Dnanexus har någon egen infrastruktur. Tjänsten är istället byggd på Amazons molntjänst.
– Det innebär att vi bara betalar för deras tjänster när vi använder dem. Det kan liknas vid en vattenkran – du betalar bara för det vatten du använder.
Att tjänsten är molnbaserad ger även en rad andra fördelar. Exempelvis underlättas forskarnas samarbete, enligt Andreas Sundquist.
– Folk på Stanford kan ladda upp data till Dnanexus, och sedan kan folk på Harvard logga in och se samma data samtidigt utan att några data behöver överföras. Förut skickade man ofta hårddiskar mellan varandra eftersom det var det bästa sättet att överföra data.
En annan fördel är att Dnanexus ständigt kan förbättra och uppdatera tjänsten utan att användarna behöver ladda ner några uppdateringar, eftersom ingen mjukvara är installerad lokalt.
Att tjänsten är molnbaserad gör den även skalbar i princip utan gränser.
– Om vi antar att du kan utföra analysen av en människas genom på en dag så kan du även göra analysen av hundra mänskliga genom på den dagen – i molnet är det enkelt att ta fram hundra gånger så stor datorkraft. Oavsett hur mycket data du har så kan vi lätt öka vår kapacitet för att möta behovet.
Att analysera DNA-sekvenser i molnet löser dock inte alla problem. Vissa algoritmer passar inte så bra att utföra i molnet, och den som vill göra väldigt speciella saker med sina data stöter också på patrull.
– Det är svårt för oss att var hur flexibla som helst. Den som vill ha något extremt skräddarsytt kan tvingas bygga det själv istället, men det blir väldigt dyrt.
