Forskningsinstitutet ska bli världsbäst
Unika analyser, personal med spetskompetens och kraftigt ökad kapa- citet – miljonsatsningarna på det nya Scilifelab gör labbet till en spelare i världsklass.
Även om mycket återstår i konkreta planer för den nya nationella forskningsinfrastrukturen Scilifelab är en sak säker. Tillskottet på 220 miljoner kronor från Wallenbergstiftelsen kommer att höja kapacieten och kompetensen rejält.
I dag sekvenseras som mest 300 miljarder baspar DNA per dag på Scilifelabs sajter i Uppsala och Stockholm. Men med ett tillskott på 58 miljoner kronor kommer man att köpa in ny sekvenseringsutrustning och målet är att öka produktionskapaciteten 100 gånger. Till en början ska man också köpa in ytterligare instrument med den nuvarande tekniken, vilket på kort sikt innebär en fördubbling av kapaciteten.
- Med den nya tekniken kan man sekvensera betydligt längre DNA-strängar än i dag, vilket både ökar kapaciteteten och kvaliteten. Än finns ingen sådan teknik med tillräckligt hög tillförlitlighet på marknaden, men det kommer det att göra inom en snar framtid och den ska vi köpa in, säger Ulf Gyllensten, professor i medicinsk molekylärgenetik vid Uppsala universitet.
Delar av pengarna ska också gå till att utöka datalagringskapaciteten från 100 till 200 terabyte.
- I och med uppgraderingen av Scilifelab får vi en kapaciteten som är jämförbar med liknande center i Europa och vi blir på allvar en internationell spelare, säger Ulf Gyllensten.
Kapacitetsökningen på sekvenseringsområdet ställer också större krav på analysen av de data som tas fram. Tillsammans med Uppsala universitet har Stockhoms universitet därför fått 58,5 miljoner kronor till satsningar på bioinformatik. I första hand handlar det om att anställa fler bioinformatiker, men en mindre del av pengarna ska användas till att utbilda personal som är kopplad till olika forskargrupper runt om i landet.
- Många som använder Scilifelab för sekvensering och proteomik saknar spetskompetens i bioinformatik. Man kan ofta göra de första analyserna men inte koppla ihop data från till exempel metabolomikstudier med sekvensdata.
Med fler bioinformatiker är förhoppningen att forskarna ska få ut mer av sitt analyserade material, säger Gunnar von Heijne professor, vid institutionen för biokemi och biofysik vid Stockholms universitet.
Totalt handlar det om tio till tolv nyanställningar vid Scilifelab i Stockholm och Uppsala. Tanken är att de nya bioimformatikerna ska fungera som en pool av konsulter som forskare kan ansöka om att få använda i sina projekt.
- Förhoppningen är att de skarpa idéerna ska genereras runt om i det svenska forskarsamhället och att man sedan ska få hjälp av Scilifelab för att koppla in bioinformatik.
Även Gunnar von Heijne anser att Scilifelab med sina nytillskott kommer att bli en tung spelare på den internationella arenan.
- Det är inte många ställen som har både högklassig sekvensering, proteomik och bioinformatik på samma ställe, säger han.
Ett relativt nytt forskningsområde som får stor del av Wallenbergmedlen är metabolomik, det vill säga kemiska studier av metaboliter i biologiska celler, vävnader, organ eller organismer.
Här ligger forskargrupper i Umeå och Göteborg längst fram och tanken är att även de ska ingå i det nya nationella Scilifelab hädanefter. Av de 220 Wallenbergmiljonerna går nästan 80 miljoner kronor till metabolomik.
- Genom att studera metaboliter i cellen får man ett uppfattning om cellens tillstånd. Det kan till exempel vara värdefull information vid cancer då man kan få en tydligare bild av hur aggressiv cancern är och sätta in bättre åtgärder. Ett annat område är studier av blodfetter, där metabolomik kan ge information om vilka personer som löper hög risk att drabbas av hjärtkärlsjukdom och vilka som inte gör det, säger Göran Karlsson, föreståndare för NMR-centrum vid Göteborgs universitet.
I dagsläget har man en begränsad kapacitet, men med det ekonomiska tillskottet kommer den att kunna mångdubblas.
- I dag görs alla mätningar manuellt, men med känsligare detektorer och avancerade provväxlare kan vi automatisera analyserna. Målet är att tillsammans med Umeå bygga upp en teknikplattform i världsklass med kapacitet för 10 000-tals prover per år.
Metabolitstudier kan göras med två olika tekniker, NMR eller masspektrometri. Vid Umeå universitet och SLU i Umeå finns förutom en NMR-plattform också en plattform för masspektrometri. I dag har den plattformen kapacitet att analysera cirka 7 000 prover per år, men med ny utrustning i form av två masspektrometrar och ytterligare personal, är målet att öka kapaciteten till 20 000 prover per år.
- Vi analyserar allt från plasma, vävnader och cellkulturer till växtmaterial och kommer att koordinera arbetet med NMR-centrum i Göteborg, säger Thomas Moritz, verksamhetschef vid metabolomikplattformen i Umeå.
Förutom sekvensering, bioinformatik och metabolomik innebär uppgraderingen av Scilifelab också en satsning på avancerad hjärnforskning. Tillsammans med universiteten i Umeå, Linköping och Lund har Karolinska Institutet fått 24 miljoner kronor som ska användas till utrustning som kan mäta hjärnans elektromagnetiska aktivitet.
- Med en sådan kan vi avläsa var och hur hjärnan arbetar och förstå hjärnan ur ett systemperspektiv, säger Martin Ingvar, professor i integrativ medicin vid Karolinska Institutet.
Utrustningen, som i praktiken är en hjälm med hundratals känsliga magnetdetektorer, samlar in data som analyseras och efter beräkningar omvandlas till bilder. Någon liknande utrustning finns inte i Sverige i dag, men med den kommer forskarna att bättre kunna se vad som händer i hjärnan och när. Utrustningen kommer i första hand att användas för grundläggande hjärnforskning och ha betydelse för beteendeoch kognitionsvetenskap. Den kan också användas kliniskt för att följa olika sjukdomsförlopp i hjärnan och till exempel mäta effekt av vissa läkemedel.
- Satsningarna på Scilifelab innebär en enorm uppskalning och i kombination med våra register och kohortstudier blir vi stora även med internationella mått, säger Martin Ingvar.
[tboot_accordion_bootstrap name="UniqueName"]
[tboot_accordion_bootstrap_section color="primary" name="miljonanslagen" heading="Hit går miljonanslagen" number="1" open="yes"]
58 miljoner kronor: DNA-sekvensering och datalagring, Ulf Gyllensten, Uppsala universitet.
58,5 miljoner kronor: bioinformatik, Gunnar von Heijne, Stockholms univeristet och Siv Andersson, Uppsala universitet.
40,5 miljoner kronor: metabolomik med NMR-teknik, Gunnar Karlsson, NMR-centrum vid Göteborgs universitet och medsökande vid Göteborgs och Umeå universitet.
39 miljoner kronor: metabolomik med masspektrometri, Thomas Moritz, SLU i Umeå.
24 miljoner kronor: hjärnforskning, Martin Ingvar, Karolinska Institutet och medsökande från universiteten i Umeå, Linköping och Lund.
[/tboot_accordion_bootstrap_section]
[/tboot_accordion_bootstrap]
