23948sdkhjf

Kartläggning delas i öppen databas

| Av Lisa von Garrelts | Tipsa redaktionen

Forskare vid Karolinska Institutet och Scilifelab har utvecklat en ny analysmetod som kartlägger var i cellen proteiner befinner sig och sammanställt informationen i en databas tillgänglig för forskare i hela världen.

Analysmetoden, som beskrivs i en publikation i tidskriften Molecular Cell, kan även ge fördjupad kunskap om störd cellfunktion vid cancer och andra sjukdomar.

Varje cell i kroppen är uppbyggd av tusentals olika proteiner, perfekt organiserade för att cellen, och i förlängningen våra kroppsorgan, ska fungera optimalt. Cellerna kan jämföras med avancerade fabriker i miniatyr, där varje protein har sin givna funktion och plats.

Proteiner på cellytan används för att cellen ska kunna kommunicera med sin omgivning. Andra proteiner i cellkärnan kan kopiera arvsanlaget eller skydda det från skador. I mitokondrierna producerar proteiner energi till cellen medan proteiner i proteasomerna, cellens sopstationer, bryter ner proteiner som inte längre behövs och så vidare. Komplexiteten är enorm.

I en ny publikation har forskarna med hjälp av en egenutvecklad analysmetod baserad på masspektrometri kartlagt var i cellen proteinerna befinner sig och sammanställt informationen i en stor databas. Databasen kommer nu att kunna användas av forskare i hela världen, som söker information om proteiner vars funktion ännu är okänd.

– Metoden som vi har utvecklat kan även användas för att studera om olika sjukdomar, som till exempel cancer, beror på att vissa proteiner befinner sig på fel ställe och därmed stör cellens normala funktion. Det går också att studera hur cellens proteiner förflyttar sig från en plats till en annan när cellens omgivning ändras, säger Janne Lehtiö, professor vid institutionen för onkologi-patologi, Karolinska Institutet, som lett studien.

Ett exempel på det senare är att forskarna studerat hur ett tiotal proteiner direkt flyttar sig när cancerceller behandlas med specifika läkemedel. Detta ger viktig information om vilka proteiner som är involverade i cellens svar på behandlingen och därmed kunskap om läkemedlets verkningsmekanismer.

– Metoden möjliggör också för att den publicerade databasen kan expanderas med hjälp av andra forskare runt om i världen. Allt för att ännu bättre kartlägga cellens arkitektur och proteinernas funktioner, säger Lukas Orre, forskare vid institutionen för onkologi-patologi, Karolinska Institutet, studiens försteförfattare.

Tillsammans med forskningsprojektet Human Protein Atlas, inriktat på att systematiskt kartlägga det mänskliga proteomet (nätverk av proteiner), ger studien en ökad förståelse av cellen och en omfattande karta av cellens proteiner.

Databasen: subcellbarcode.org

Håll dig uppdaterad med Life Science Sweden
Är du prenumerant? Bli prenumerant

Med en prenumeration får du obegränsad tillgång till webbtidningen. Läs webbtidningen online.

Kommentarer (0)
Startsidan just nu

Positiva data för Cantargia

150-åring skrivs om vid högt tryck

Periodiska systemet firar i år 150 år. Under detta jubileumsår presenterar Chalmersforskaren Martin Rahm ytterligare en dimension till systemet vilket ger helt nya förutsättningar för materialforskning.

“Register och journalsystem borde vara samma sak”

Astra köper förtur av Sobi

Ny chef för Uppsala Bio

Svensk hälsohub öppnar i Kina

Nyhetsbrev

2

Nytt avtal för Alligator

Arkiv

Dina vaccinationer kan samlas digitalt

Ny studie: Kolesterolläkemedel kan förebygga levercancer

Godkänt för Sprint

Nya fynd kring diabetes

Nytt sätt att känna smärta upptäckt

Forskare vid Karolinska institutet har upptäckt ett nytt sensoriskt organ i huden som känner av farlig retning från omgivningen. Upptäckten kan få betydelse för att förstå kronisk smärta bättre.

Ny topp till Apotekarsocieteten

Efter Senzagen: Här är Anki Malmborg Hagers nya vd-jobb

Ska leda e-hälsobolag för smärthantering.

Inflyttningsklart i nya huset på Medicon village

Nu slås portarna upp till den nya huvudbyggnad. I och med detta är det mer än 2000 personer som arbetar på Medicon village.

2

Ska göra karta över hjärnan

Karo värvar från Atlas copco

Addlife köper danskt

Anorexi mer än en psykiatrisk sjukdom

Genombrott för ebolamediciner

Två av fyra läkemedelskandidater som testats sedan november 2018 har visat sig signifikant minska dödligheten bland de smittade testpersonerna. Nu avbryts studien.

EU går ihop kring restnoterade läkemedel

Exklusiv inlicensiering för Calliditas

Ny ordförande i Umeå Biotech Incubator

Umeå biotech incubator får en ny styrelseordförande. Ny på posten är Lena Karlsson Engman, ledamot för Socialdemokraterna i Umeå kommunfullmäktige och tidigare forskare på FOI.

Hon får Fernströms pris

Hittade orsak till ALS-symptom hos spädbarn

Prestigepris till svensk Alzheimerforskare

Redwood i hamn med fas II

Så funkar NT-rådet

Biogaia in i Uruguay

Örebro värvar chef från Västerbotten

Ny vd på SwedenBio

Toppuppdrag för Anders Blanck

Långt gånget för Index studie

Se alla Medlemsnytt

Sänd till en kollega

0.117