23948sdkhjf

Kartläggning delas i öppen databas

| Av Lisa von Garrelts | Tipsa redaktionen

Forskare vid Karolinska Institutet och Scilifelab har utvecklat en ny analysmetod som kartlägger var i cellen proteiner befinner sig och sammanställt informationen i en databas tillgänglig för forskare i hela världen.

Analysmetoden, som beskrivs i en publikation i tidskriften Molecular Cell, kan även ge fördjupad kunskap om störd cellfunktion vid cancer och andra sjukdomar.

Varje cell i kroppen är uppbyggd av tusentals olika proteiner, perfekt organiserade för att cellen, och i förlängningen våra kroppsorgan, ska fungera optimalt. Cellerna kan jämföras med avancerade fabriker i miniatyr, där varje protein har sin givna funktion och plats.

Proteiner på cellytan används för att cellen ska kunna kommunicera med sin omgivning. Andra proteiner i cellkärnan kan kopiera arvsanlaget eller skydda det från skador. I mitokondrierna producerar proteiner energi till cellen medan proteiner i proteasomerna, cellens sopstationer, bryter ner proteiner som inte längre behövs och så vidare. Komplexiteten är enorm.

I en ny publikation har forskarna med hjälp av en egenutvecklad analysmetod baserad på masspektrometri kartlagt var i cellen proteinerna befinner sig och sammanställt informationen i en stor databas. Databasen kommer nu att kunna användas av forskare i hela världen, som söker information om proteiner vars funktion ännu är okänd.

– Metoden som vi har utvecklat kan även användas för att studera om olika sjukdomar, som till exempel cancer, beror på att vissa proteiner befinner sig på fel ställe och därmed stör cellens normala funktion. Det går också att studera hur cellens proteiner förflyttar sig från en plats till en annan när cellens omgivning ändras, säger Janne Lehtiö, professor vid institutionen för onkologi-patologi, Karolinska Institutet, som lett studien.

Ett exempel på det senare är att forskarna studerat hur ett tiotal proteiner direkt flyttar sig när cancerceller behandlas med specifika läkemedel. Detta ger viktig information om vilka proteiner som är involverade i cellens svar på behandlingen och därmed kunskap om läkemedlets verkningsmekanismer.

– Metoden möjliggör också för att den publicerade databasen kan expanderas med hjälp av andra forskare runt om i världen. Allt för att ännu bättre kartlägga cellens arkitektur och proteinernas funktioner, säger Lukas Orre, forskare vid institutionen för onkologi-patologi, Karolinska Institutet, studiens försteförfattare.

Tillsammans med forskningsprojektet Human Protein Atlas, inriktat på att systematiskt kartlägga det mänskliga proteomet (nätverk av proteiner), ger studien en ökad förståelse av cellen och en omfattande karta av cellens proteiner.

Databasen: subcellbarcode.org

Håll dig uppdaterad med Life Science Sweden
Är du prenumerant? Bli prenumerant

Med en prenumeration får du obegränsad tillgång till webbtidningen. Läs webbtidningen online.

Kommentarer (0)
Startsidan just nu

Toppuppdrag för Anders Blanck

Långt gånget för Index studie

Upprört när Sobi storvarslar

Första mötet mellan regeringen och patientföreträdarna

1

Utvecklar blodmarkör för att upptäcka alzheimer

Miljardaffär för Karo

Nyhetsbrev

Rhovac säkrar finansieringen

Arkiv

De kopplar specifikt protein till aggressiv hudcancer

Nya behandlingsalternativ för patienter med spridd hudcancer har utvecklats men fortfarande saknas kunskap om hur tumörcellerna sprider sig till andra delar av kroppen. Forskare från Lund är nu ett steg närmare en lösning.

Färre onödiga operationer med ny diagnostikmetod för äggstockscancer

Forska Sverige: Oroväckande trend

Halvvägs för Promore

Fet fisk utan gift skyddar mot typ 2-diabetes

Om den feta fisken vi äter vore fri från miljögifter skulle den minska vår risk att utveckla typ 2-diabetes. Men miljögifterna som fisken innehåller har motsatt effekt och suddar ut skyddseffekten.

Myndigheten varnar: Detta är inte ett godkänt läkemedel

Läkemedelsverket går ut och varnar för annonser för en produkt som lovar för mycket.

Miljarder i återbetalning för läkemedel

3D för Biolamina efter nytt avtal

Tidigare börs-vd blir styrelseordförande i Inficure

Nyligen tog de hem största ordern i bolagets historia. Nu får Inficure Bio en ny styrelseordförande. Lena Söderström, tidigare vd för börsnoterade Senzime, tar sig an uppdraget.

Ny metod vid spårning av droger

Ett salivprov kan ersätta urinprovet vid spårning av alla vanligast förekommande droger. Detta efter att en ny metod utvecklats på Sahlgrenska.

Hamlet får testa högre dos

Orsakssamband mellan överflödigt kroppsfett och hjärtkärlsjukdom

Kassaklirr för Cereno

Tar fram AI-stöd för ambulanspatienter

Ett AI-beslutsstöd för akutvårdspersonalen som baseras på inmatade patientdata. Det är målet med ett projekt vid Högskolan i Borås.

Forskare närmare förklaring till smärta vid reumatism

1

Positivt från Immunicum

Stor diabetesstudie kartlägger komplikationer

Första resultat från observationsstudien Careme visar att njur- och hjärtsvikt är de vanligaste första kardiovaskulära komplikationerna vid typ 2-diabetes.

Nytt partnerskap för Bactiguard

Nya data från Medivir

Han får Fernströmpriset

Krönika: Det outnyttjade fönstret mot big pharma

Generna styr hundägande

Hon blir chef för Skånes sjukvård

Nuevolution löser dansk patentstrid

Cereno redo för fas II

De får 50 miljoner till hjärnforskningen

Ny strategi att behandla tuberkulos

200 miljoner till kvalitetsregister

Hon blir ny ordförande för Lif

Se alla Medlemsnytt

Sänd till en kollega

0.144